С 2005 г. на функционирование особых экономических зон из федерального и регионального бюджетов выделены десятки миллиардов рублей, однако результатов их эффективного использования не видно. Прокуратура предъявляет претензии Федеральному агентству по управлению особыми экономическими зонами.
В ходе прокурорской проверки установлены факты размещения средств, выделенных для развития указанных территорий, под крайне низкие процентные ставки. В результате этого, а также пассивности органов исполнительной власти регионов, проекты имеют весьма медленное развитие и низкий социально-экономических эффект. Неблагоприятная ситуация сложилась в 7 особых экономических зонах туристско-рекреационного назначения, созданных в феврале 2007 г. В 5 из них до сих пор не зарегистрировано ни одного инвестора, не создано рабочих мест, объем частных инвестиций равен нулю, нет производства каких-либо товаров, не построено и не сдано в эксплуатацию ни одного объекта.
Одновременно с этим в Бурятия и Иркутской области законодательные ограничения экологической направленности не позволяют начать строительство объектов туриндустрии и инфраструктуры в границах туристско-рекреационной зоны.
Необходимый нормативный акт по урегулированию возникшей проблемы до настоящего времени не принят. В целях устранения выявленных нарушений Генпрокуратура внесла представления Министру экономического развития России Эльвире Набиуллиной и руководителю Федерального агентства по управлению особыми экономическими зонами Андрею Алпатову. Им предложено принять меры по устранению выявленных нарушений законности, обеспечить эффективное и экономное использование бюджетных средств, а также рассмотреть вопрос об ответственности должностных лиц, виновных в допущенных нарушениях.